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学院本科生戴玉卓在IEEE国际生物信息和生物医学会议BIBM上做学术报告

发布日期:2022-12-10 发表者:陈治国 浏览次数:






   (图文|辛西  编辑|信息  审核|张红雨)12月8日,美国电气与电子工程师协会生物信息学和生物医学会议(IEEE BIBM)在中国长沙(线上)举行。由我校信息学院王颖博士、冯在文副教授共同指导的生物信息系1902班本科生戴玉卓受邀在BIBM 2022主会上做了题为《GMFQP: An Ontology-mediated Gut Microbiota Federated Query Platform》的学术报告。


   国际生物信息学和生物医学会议(IEEE BIBM)被中国计算机学会CCF列为前沿交叉学科B类国际会议,同时也是生物信息学最有影响力的三大国际会议之一,致力于生物信息学和生物医学的跨领域研究。BIBM至今举办16届,本届大会收到来自世界40多个国家(地区)共计842篇投稿文章,戴玉卓论文被大会主会接收。


   肠道微生物与其宿主之间的共生关系已被科学家广泛研究。目前存在大量分散在不同肠道微生物群数据库中的有用数据。然而,直接从这些多源和异构数据中获得有价值的全局信息进行进一步研究对生物学家们来说是不容易的。因此,该论文提出了一种基于本体的肠道微生物联邦查询平台(GMFQP)来解决这一问题。首先,作者构建了肠道微生物本体(GMO),在为生物学家提供统一领域视图的同时隐藏了底层数据源的异构性。其次,作者提出了一种三阶段联邦查询方法,包括查询推理、查询重写和基于Datalog+规则的查询执行,以将用户在GMO上表达的查询转换为在实际数据源上执行的具体查询。在传统查询重写之前新添加的查询推理,有助于实现逻辑查询优化并支持泛化查询。最后,基于上述方法,作者实现了一个联邦查询系统原型,它由一些重要组件组成,以实现三个阶段的功能,还提供了用户友好的基于模板的查询访问界面以及可视化的全局结果。


   谈及当初如何入门科研时,戴玉卓表示,“大一刚入学,通过生信专业特有的‘本科生导师’制,我有幸成为张红雨教授课题组成员,积极参与张老师的组会,师兄师姐的‘学术范’,让我对科研工作充满好奇和向往。在一次关于生物大数据整合的会议中,了解到冯在文老师课题组专注于该方面工作,我对这些技术很有兴趣,在张红雨老师的支持下,我申请参与到冯老师课题组的科研中。一段时间学习后,便有了自己感兴趣的科学问题,在王颖老师、冯老师共同指导下,慢慢开始了这项科研课题。”


   谈及信息学院生物信息专业的科研氛围时,戴玉卓表示:“这里的老师不会将渴望参与科研工作的每一位同学拒之门外。有了‘本科生导师’和‘项目育人”’的推动,生信专业学生很早就能广泛了解科研、深度参与科研,甚至做出自己的课题成果。在制度和老师双重加持下,生信的科研氛围是新生一入学便可感知到、并融入进来的。”


   对学弟学妹,戴玉卓有如下建议。她表示,“首先,要把握好学院给予的机会和平台大胆尝试;其次,要多听多看多了解,才能发现自己的兴趣点,根据兴趣浪小辉与退役武警免费观看科研工作;最后,要多与老师同学沟通,很多问题是在沟通中解决的,很多灵感也是在沟通和风暴中产生的。”

附论文标题及详细作者:
"GMFQP: An Ontology-mediated Gut Microbiota Federated Query Platform"
Yuzhuo Dai, Shilong Zhang, Yue Tang, Wolfgang Mayer, Jixiang Li, Hongyu Li, Zhonghao Zhang, Haiqin Li, Ying Wang*, Wen Zhang, Qin Jiang, Hong-Yu Zhang, Bing Li, and Zaiwen Feng*.